Estás relacionado con el cromosoma (porque gotra representa el cromosoma Y). Ambos padres pueden tener el mismo cromosoma Y, lo que potencialmente puede causar defectos de nacimiento en sus hijos.
Sin embargo, Agni Purana (si recuerdo bien) me ha prescrito un proceso de rezación (expiación), que debe realizar un hombre que se case con una mujer de su gotra (no con relación directa de sangre).
Si sus familias no están conectadas por un árbol de apellidos, entonces puede casarse convenciendo a los padres para que hagan ese proceso.
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Más importante y relevante hoy en día para un matrimonio serían pocas pruebas médicas como grupos sanguíneos, genes de células falciformes, pruebas de fertilidad, etc. La mayoría de las personas acuden al aspecto, la educación, los ingresos, la casta, la situación social, etc. o la mujer no puede conceder? O si los niños no importan y solo el amor sí, entonces ¿por qué no una relación de convivencia?