¿Está diciendo que estamos juntos igual que somos novio y novia?

Depende del contexto de la pregunta.

“¿Están ustedes dos juntos?”
“Sí.” – Lo que insinúa que ustedes dos son pareja.

“¿Cómo estás pagando?”
“Estamos juntos.” – Lo que insinúa que quieres una factura.

¿Ver la diferencia?