Si el salario de un empleado temporal se calcula a partir del salario anualizado, pero se paga dos veces por semana (26 períodos de pago), ¿se quedan cortos si solo trabajan de 1 a 3 meses?

No, definitivamente no. Anual es para un año, divídalo entre 26 si recibe pagos cada dos semanas. Divide por 24 si te pagan dos veces al mes. Divide por 52 si te pagan todas las semanas. Divide por 2080 si te pagan diariamente. Todos salen al mismo.